幻想世界的魔幻大陸上，以塔爾河為界，東側有草葉王國和沼澤王國，西側有波特共和國和地下城王國。各王國在經歷漫長的一、二次大陸戰爭後，正享受著美好的和平時期。但各國不知道這種和平能持續到什麼時候，所以都積極培養自己的召喚術師。草葉王國的昆蟲大師、沼澤王國的怪物大師、波特共和國的機器大師、地下城王國的大龍大師就是這些王國培養出來的召喚術師。
　草葉王國的孩子王納博無意中在樹林裡受到凱恩的侮辱，自尊心受傷。為了報仇，他決定成為昆蟲召喚術師，但因為他對昆蟲過敏，所以測驗的能力指數達不到昆蟲學院的要求，沒辦法進入昆蟲學院。深感挫折的納博受到昆蟲學院的前校長庫庫魯引誘，進入了昆蟲學園就讀。

成為昆蟲學園學生的納博被扔到充滿昆蟲幼蟲的洞窟裡，以便治療昆蟲過敏症。納博在洞窟裡嚇暈，但昆蟲召喚師的潛在天賦卻意外的被激發，納博終於能成功的召喚昆蟲。

將昆蟲學園視為眼中釘的昆蟲學院，指派害蟲之王哈羅到昆蟲學園送交友誼賽的邀請函。納博和昆蟲學園的高材生希茲藤為了參加友誼賽，到野生昆蟲區去尋找新昆蟲，幾經曲折後，納博終於和最強的昆蟲高加索大兜蟲簽約。

草葉王國的昆蟲學院刻意邀請前任校長另設的昆蟲學園舉行友誼賽，想讓昆蟲學園出醜，不料昆蟲學園竟然與昆蟲學院勢均力敵，逼得昆蟲學院派出天才凱恩與昆蟲學園的納博對決，凱恩面對納博召喚的高加索大兜蟲，不得不拿出最後的底牌……。

納博在庫庫魯校長的幫助下，讓高加索大兜蟲復活，並成功的和牠重新簽約！被逐出昆蟲學院的哈羅慫恿蜘蛛學院的卡拉一起攻擊昆蟲學院。而昆蟲學院則企圖利用希茲藤除掉納博，希茲藤剛開始非常猶豫，但為了治好母親的病，只好與納博進行決鬥……。

希茲藤敗給納博後，昆蟲學院中斷希茲藤母親的治療。得知希茲藤情況的庫庫魯向希茲藤伸出援手，希茲藤重新回到昆蟲學園。蜘蛛學院的卡拉和昆蟲學院退學生哈羅聯手，在波特共和國機器學院首席科學家福因特的策劃下，襲擊昆蟲學院，普利雅校長戰敗，昆蟲學院面臨倒閉的命運。

凱恩和納博在昆蟲學園以昆蟲大師為目標，接受特別訓練。機器學院摧毀了怪物學院後，正準備攻打大龍學院，不料大龍學院竟先發制人，派出100年才出現一位的大龍博士譚雅前來攻打機器學院，將其毀滅。